次のような手当について、算定基礎となる賃金より控除してよいのでしょうか。
（1） 家族手当、住宅手当
（2） 皆勤手当
（3） 営業手当、役付手当
（1） 法律上列挙されている手当のみ控除対象となります。
この点、家族手当については労働基準法３７条５項に、住宅手当については労働基準法施行規則２１条に該当しますので、形式的には控除できそうですが、手当の内容（算出方法）によっては控除できない場合もあります。
（2） 皆勤手当は労働基準法３７条５項及び労働基準法施行規則２１条に定める手当に該当しないため、控除不可です。
但し、皆勤手当支給の制度設計如何によっては控除可能な手当になる場合も考えられます。
（3） 営業手当および役付手当は労働基準法３７条５項及び労働基準法施行規則２１条に定める手当に該当しないため、控除不可です。
但し、当該手当の内容が、いわゆる固定残業代（定額残業代、みなし残業代）に該当する場合は、控除可能です。
解説
（1） 家族手当、住宅手当について
上記回答にも記載した通り、割増賃金の算定基礎となる賃金より除外できる手当は法定列挙されています。現行法上は、次の７種類です。
① 家族手当
② 通勤手当
③ 別居手当
④ 子女教育手当
⑤ 住宅手当
⑥ 臨時に支払われた賃金
⑦ １ヵ月を超える期間ごとに支払われる賃金
そうすると、設問の「家族手当」も「住宅手当」も法定列挙されていますので、算定基礎賃金より控除してもよさそうに考えられます。
もっとも、法律が定めている「家族手当」と「住宅手当」は日常用語として用いられているものより、かなり狭い範囲の概念となっています。すなわち、
・家族手当＝扶養家族又はこれを基礎とする家族手当額を基準として算出されているもの
・住宅手当＝実質的に住宅に要する費用に応じて支給されているもの
と定義づけられています。
したがって、例えば、扶養家族の有無や人数に関係なく一律に支給されている場合は、算定基礎から除外できる家族手当には該当しないことになります。また、住宅手当についても、例えば、一律支給される場合、扶養家族の有無によって金額変動させる場合（住宅以外の要素で額を決める場合）、賃貸と持家の区分にしたがって一律に支給する場合には、算定基礎から除外できる住宅手当に該当しないことになります。
なお、実質的な算出方法によって除外の有無を決めますので、例えば、家族手当ではなく、物価手当や生活手当という名称であっても上記のような算出方法に従うのであれば、控除可能です。
（2） 皆勤手当
皆勤手当は法定列挙された手当に該当しませんので、算定基礎となる賃金から除外される手当には該当しません。
もっとも、皆勤手当の支給要件を、例えば３ヵ月を一単位として支給の有無を決する場合には、「１ヵ月を超える期間ごとに支払われる賃金」に該当しますので、理論的には算定基礎となる賃金から除外される手当に該当することになります。
ただし、皆勤手当という日常イメージからすれば、一賃金計算時期（１ヵ月）によって区分されるのが通常ですので、何故、１ヵ月を超えて支給の有無を決するのか合理的な理由が無い限り、脱法行為と言われてしまう可能性がありますので、注意が必要です。
（3） 営業手当、役付手当
営業手当及び役付手当はいずれも法定列挙された手当に該当しませんので、算定基礎となる賃金から除外される手当には該当しません。
もっとも、最近の賃金体系で見受けられる、いわゆる固定残業代（定額残業代、みなし残業代など色々な呼び方があります）として位置付けられているのであれば、算定基礎となる賃金から除外できることになります。
これは、固定残業代それ自体が割増賃金として支給されている以上、算定基礎となる賃金に含めてしまうと二重評価となってしまうからです。
なお、いわゆる固定残業代として有効性を維持するためには、社内規程上に根拠を有すること、何時間分に該当するのか労働契約書等で明示すること、手当をおける時間外労働が発生した場合には精算を行うことが、最低要件になると考えられます。
※上記記載事項は当職の現時点での見解をまとめたものです。解釈の変更や裁判所の判断などにより適宜見解を変更する場合があります。
