１年単位の変形労働時間制は、労使協定で対象期間を平均して、１週間の労働時間を法定労働時間の範囲内にすることにより、各日、各週の所定労働時間を一定の範囲内で法定労働時間を超えて定める事ができる制度です。
しかし、その各日・各週について労使協定で定めた時間や、それ以外の日で法定労働時間を超えて労働した場合は、割増賃金の支払い義務が発生します。
１年単位の変形労働時間の場合、以下の時間が時間外労働時間となります。

①１日については、
〇所定労働時間が８時間を越える日は、所定労働時間を超えた時間
〇それ以外の日は、８時間を越えた時間

②１週間については、
〇所定労働時間が４０時間を越える週は、所定労働時間を超えた時間
〇それ以外の週は、４０時間を超えた時間
（① で時間外労働となる時間を除く）

③変形期間の全期間については、
〇変形期間における法定労働時間の総枠（１週間の法定労働時間×（変形期間の日数÷７））を超えた時間（①,②で時間外労働となる時間を除く）

【割増賃金の支払方】
①、②は、毎月の給与で支払わなければならず、③については、対象期間が終了した直近の賃金支払日に支払います。