次のような手当について、算定基礎となる賃金より控除してよいのでしょうか？
（1）家族手当、住宅手当
（2）皆勤手当
（3）営業手当、役付手当

（1）法律上列挙されている手当のみ控除対象となります。
この点、家族手当については労働基準法３７条５項に、住宅手当については労働基準法施行規則２１条に該当しますので、形式的には控除できそうですが、手当の内容（算出方法）によっては控除できない場合もあります。

（2） 皆勤手当は労働基準法３７条５項及び労働基準法施行規則２１条に定める手当に該当しないため、控除不可です。
但し、皆勤手当支給の制度設計如何によっては控除可能な手当になる場合も考えられます。
（3） 営業手当および役付手当は労働基準法３７条５項及び労働基準法施行規則２１条に定める手当に該当しないため、控除不可です。
　但し、当該手当の内容が、いわゆる固定残業代（定額残業代、みなし残業代）に該当する場合は、控除可能です。

解説
（1）家族手当、住宅手当について
上記回答にも記載した通り、割増賃金の算定基礎となる賃金より除外できる手当は法定列挙されています。現行法上は、次の７種類です。
①家族手当
②通勤手当
③別居手当
④子女教育手当
⑤住宅手当
⑥臨時に支払われた賃金
⑦１ヵ月を超える期間ごとに支払われる賃金