労働基準法違反の事例の中で多いものは３６協定違反です。
労働基準監督署が問題視する、労働時間に起因する是正勧告としては、法定労働時間を超えて働かせたり、３６協定の範囲を超えて労働させたり、適切な休暇を与えず労働させたりしたケースなどがあります。
労働基準法では、労働時間は休憩時間を除いて、原則として１週で４０時間、１日で８時間を超えて労働させてはならないことになっています。
労働基準法では、これを超えて労働させる必要がある場合は、「時間外・休日労働に関する協定届（３６協定）」を労使で締結して、所轄の労働基準監督署に届出る必要があります。この３６協定を届出しないまま、法定労働時間を超えて労働させた場合は労働基準法の違反となります。たとえ時間外手当を支払っていたとしても労働基準法違反です。
また、労働基準監督署に３６協定を届出していたとしても、協定した労働時間の範囲を超えて労働させた場合も労働基準法違反です。
労働基準監督署が行っている是正勧告の違反内容としては、労働時間に関するものが多く見受けられます。
長時間労働は、過労死や精神疾患など、健康障害に直結する可能性が高いことや、最近の事件・判例等から労働基準監督署の指導の重点項目とされるています。